Activités de recherche, techniques :

Après une thèse de doctorat soutenue en 2010 et un post-doctorat en bioinformatique, j’ai intégré l’UMR 1347 Agroécologie en 2014 en tant que MCF. La thématique de recherche de l’équipe BIOCOM (Distribution spatiale, dynamique et traduction fonctionnelle de la biodiversité des communautés microbiennes telluriques) est structurée autour de trois axes : le premier axe porte sur la détermination des processus et filtres de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol à différentes échelles (de l’agrégat au territoire national), le second axe vise à déterminer le rôle de la diversité microbienne dans le fonctionnement biologique du sol, le troisième axe, plus finalisé, a pour objectif de développer et proposer des outils/solutions opérationnels permettant aux utilisateurs des sols de pouvoir évaluer la qualité microbiologique du sol, mais aussi de déterminer comment orienter les communautés microbiennes de façon à optimiser les services agro-écosystémiques fournis par le sol. Mon implication scientifique est principalement focalisée sur les deux premiers axes de l’équipe, sur la base de mes compétences en écologie microbienne, en biologie moléculaire et en bioinformatique.

Activités d’enseignement : 

Dans le cadre de ma nomination en tant que Maître de Conférences à l’Université de Bourgogne, j’ai eu en charge l’enseignement de la microbiologie au sein de l’IUT de DIJON – Département Génie Biologique. Le BUT Génie Biologique prépare en six semestres au métier de technicien supérieur, d’assistant ingénieur, tout en permettant une poursuite d’études très ouverte. La formation par la technologie permettant d’obtenir le DUT Génie Biologique répond donc au double objectif d’insertion professionnelle immédiate et de poursuite éventuelle d’études. L’enseignement de la microbiologie dont j’ai la charge a pour objectifs : (i) d’apporter des connaissances de base en microbiologie fondamentale pour comprendre les caractéristiques spécifiques des microorganismes utiles ou nuisibles, (ii) de savoir manipuler les microorganismes « en sécurité », les cultiver, les reconnaître et les identifier. Depuis 2019, j’ai aussi en charge des enseignements en écologie microbienne et bioinformatique pour plusieurs Masters universitaires, et en analyse et traitement de données statistiques en BUT.

Publications :

1. Quiquerez, A. et al. Legacy of land-cover changes on soil microbiology in Burgundy vineyards (Pernand-Vergelesses, France). 56, (2022).
2. Djemiel, C. et al. Inferring microbiota functions from taxonomic genes: a review. GigaScience 11, 1–30 (2022).
3. Djemiel, C. et al. Potential of Meta-Omics to Provide Modern Microbial Indicators for Monitoring Soil Quality and Securing Food Production. Frontiers in Microbiology 13, (2022).
4. Terrat, S. et al. ReClustOR : a re‐clustering tool using an open‐reference method that improves operational taxonomic unit definition. Methods in Ecology and Evolution 2020, 168–180 (2020).
5. Karimi, B. et al. Biogeography of soil microbial habitats across France. Global Ecology and Biogeography 29, 1399–1411 (2020).
6. Djemiel, C. et al. µ green-db : a reference database for the 23S rRNA gene of eukaryotic plastids and cyanobacteria. Scientific Reports 10, 1–11 (2020).
7. Djemiel, C. et al. BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons. BMC Bioinformatics 21, 492 (2020).
8. Biderre-Petit, C. et al. Analysis of bacterial and archaeal communities associated with Fogo volcanic soils of different ages. FEMS Microbiology Ecology 96, 1–16 (2020).
9. Karimi, B. et al. Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity. Scientific Reports 9, 1–10 (2019).
10. Falentin, H. et al. Guide pratique à destination des biologistes , bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s ’ initier aux analyses métabarcoding. Cahiers techniques INRA 2019, 1–23 (2019).
11. Djemiel, C. & Terrat, S. Nouvelles techniques de méta-omiques pour le diagnostic de la qualité microbiologique des sols. Techniques de l’ingénieur 33, (2019).
12. Siegel-Hertz, K. et al. Comparative microbiome analysis of a Fusarium wilt suppressive soil and a Fusarium wilt conducive soil from the Châteaurenard region. Frontiers in Microbiology 9, 568 (2018).
13. Sadet-Bourgeteau, S. et al. Lasting effect of repeated application of organic waste products on microbial communities in arable soils. Applied Soil Ecology 125, 278–287 (2018).
14. Maron, P.-A. et al. High Microbial Diversity Promotes Soil Ecosystem Functioning. Applied and Environmental Microbiology 84, e02738-17 (2018).
15. Le Guillou, C. et al. Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale. MicrobiologyOpen e676, 1–12 (2018).
16. Karimi, B. et al. Biogeography of soil bacteria and archaea across France. Science Advances 4, 1–14 (2018).
17. Terrat, S. et al. Correction: Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France. PLoS ONE 12, e0186766 (2017).
18. Grangeteau, C. et al. FT-IR spectroscopy: A powerful tool for studying the inter- and intraspecific biodiversity of cultivable non-Saccharomyces yeasts isolated from grape must. Journal of Microbiological Methods 121, 50–58 (2016).
19. Bili, M. et al. Bacterial Community Diversity Harboured by Interacting Species. PLoS ONE 11, e0155392 (2016).
20. Terrat, S. et al. Meta-barcoded evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure to characterize soil bacterial and fungal community diversity and composition. Microbial Biotechnology 8, 131–142 (2015).
21. Terrat, S. et al. Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding. Heredity 114, 468–475 (2015).
22. Tardy, V. et al. Shifts in microbial diversity through land use intensity as drivers of carbon mineralization in soil. Soil Biology and Biochemistry 90, 204–213 (2015).
23. Tardy, V. et al. Land Use History Shifts In Situ Fungal and Bacterial Successions following Wheat Straw Input into the Soil. PLoS ONE 10, e0130672 (2015).
24. Constancias, F. et al. Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape. MicrobiologyOpen 4, 505–517 (2015).
25. Constancias, F. et al. Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape. MicrobiologyOpen 4, 518–531 (2015).
26. Tardy, V. et al. Stability of soil microbial structure and activity depends on microbial diversity. Environmental Microbiology Reports 6, 173–183 (2014).
27. Lienhard, P. et al. Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland. Agronomy for Sustainable Development 34, 525–533 (2014).
28. David, V. et al. High-throughput sequencing of amplicons for monitoring yeast biodiversity in must and during alcoholic fermentation. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology 41, 811–821 (2014).
29. Constancias, F. et al. Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping. Agronomy for Sustainable Development 34, 831–840 (2014).
30. Zancarini, A., Mougel, C., Terrat, S., Salon, C. & Munier-Jolain, N. Combining ecophysiological and microbial ecological approaches to study the relationship between Medicago truncatula genotypes and their associated rhizosphere bacterial communities. Plant and Soil 365, 183–199 (2013).
31. Pascault, N. et al. Stimulation of different functional groups of bacteria by various plant residues as a driver of soil priming effect. Ecosystems 16, 1–13 (2013).
32. Lienhard, P. et al. Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland. Environmental Chemistry Letters 1–8 (2013) doi:10.1007/s10311-013-0420-8.
33. Terrat, S. et al. Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure. Microbial Biotechnology 5, 135–141 (2012).
34. Plassart, P. et al. Evaluation of the ISO Standard 11063 DNA Extraction Procedure for Assessing Soil Microbial Abundance and Community Structure. PLoS ONE 7, e44279 (2012).
35. Peyretaillade, E. et al. Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals. Nature Communications 3, (2012).
36. Terrat, S. et al. Detecting variants with Metabolic Design, a new software tool to design probes for explorative functional DNA microarray development. BMC BIOINFORMATICS 11, (2010).
37. Peyretaillade, E. et al. Identification of transcriptional signals in Encephalitozoon cuniculi widespread among Microsporidia phylum: support for accurate structural genome annotation. BMC Genomics 10, (2009).

Principaux contrats :

2010-2011 TAXOMIC-RMQS, projet séquençage GIS IBIZA Genoscope.                                

2013-2015 MetaTaxomic-RMQS projet France Génomique « grand séquençage » (co-coordinateur).

2016-2020 MetaOMIC-RMQS projet France Génomique « grand séquençage » (co-coordinateur).         

2018-2023 Projet AGRO-ECO-SOL (https://www6.val-de-loire.inrae.fr/infosol/Projets/Projets-en-cours/AgroEcoSol), lauréat de l’appel à projet 2017 Industrie et agriculture éco-efficientes de l’Ademe.

2021-2024 Projet ADEME-OFB : Elaboration d’un Atlas Moléculaire Français des Champignons du Sol.  

2021-2025 Projet PPR MicroFlu4AMR, lauréat du programme « Investissements d’avenir » de 2021, appel à projets PPR "Antibiorésistance : comprendre, innover, agir" de l’ANR, et dont le titre est : « Caractérisation et criblage par haut débit des communautés bactériennes dans le sol : mécanismes de la résistance aux antibiotiques et découverte de nouveaux antibiotique ».

Liens externes  : 

https://www.researchgate.net/profile/Sebastien-Terrat-2                     https://www.linkedin.com/in/sebastien-terrat-374b3b82/